Fungicīdi tiek klasificēti pēc to lietošanas veida

1. Aizsardzības līdzeklis
Pirms patogēno mikroorganismu saskares ar augu vai iegremdējot augu, augu vai apkārtējo vidi apstrādā ar zālēm, kas kavē patogēno sporu dīgšanu vai iznīcina uzdīgušo patogēno sporu, lai pasargātu augu no tā bojājumiem. Šo efektu sauc par aizsardzības efektu. Līdzekļi ar šādu efektu ir aizsargājoši līdzekļi. Piemēram, Bordo maisījums, cinka cinks, vara sulfāts, zaļā piena varš, mankocebs, hlortalonils un tā tālāk.
2. Terapeitiskie līdzekļi
Terapeitiskā līdzekļa patogēnie mikroorganismi ir iefiltrējušies augā, bet augam ir simptomi un tas atrodas inkubācijas periodā. Zāles iekļūst augu audos no auga epidermas un nogalina vai inhibē patogēnu, veicot transdukciju, difūziju vai metabolītu veidošanos, tādējādi slimais augs vairs necietīs un neatjaunos veselību. Līdzekļus, kuriem ir šāda terapeitiskā iedarbība, sauc par terapeitiskiem vai ķīmijterapijas līdzekļiem. Piemēram, metiltiofanāts, karbendazims, kasugamicīns un tā tālāk.
3. Iznīcināšanas līdzeklis
Iznīcināšanas līdzekļi attiecas uz patogēniem, kas var tieši nogalināt patogēnus, kas ir iebrukuši augos, kad tos lieto pēc augu inficēšanas. Līdzekļi ar šādu izskaušanas efektu ir izskaušanas līdzekļi. Piemēram, tirams, nātrija pentahlorfenāts, kaļķu sērs un tā tālāk.